La CRUI si propone come:
- strumento di indirizzo e di coordinamento delle autonomie universitarie;
- luogo privilegiato di sperimentazione di modelli e di metodi da trasferire al sistema universitario;
- moderno centro di servizi a disposizione delle università.

Per svolgere nel migliore dei modi la propria attività, la CRUI può contare su un'organizzazione articolata ed efficiente strutturata in organi politici e di indirizzo e organi operativi. 

L'attività di indirizzo politico è realizzata sulla base di Gruppi di Lavoro guidati dal Comitato di Presidenza sui principali temi legati all'evoluzione del sistema universitario